Juna
JFK on yhteydessä New Yorkin maanalaiseen ja tavalliseen lähijunaan. AirTrain pysähtyy jokaisessa terminaalissa, autonvuokraamoissa ja kahdella maanalaisella asemalla. AirTrainilla pääsee Manhattanille noin 45 minuutissa vaihtamalla lähijunaan.
Bussi
Monet bussit vievät matkustajia New Yorkin kaupungin metroon ja Long Islandiin.
Taksi
New Yorkin keltaiset taksit operoivat JFK:n kentällä.
Helikopteri
Nopein tie Manhattanille on ottaa helikopteri. Se kulkee tunnin välein ja matka kestää alle 10 minuuttia, joskin yhdensuuntainen matka maksaa 139 dollaria.